冷冻干燥机在低温下进行，因此对于许多热敏性的物质特别适用。如蛋白质、微生物之类不会发生变性或失去生物活力。因此在医药上得到广泛地应用。在低温下干燥时，物质中的一些挥发性成分损失很小，适合一些化学产品和食品干燥。在冷冻干燥过程中，微生物的生长和酶的作用无法进行，因此能保持原来的性装。由于在冻结的状态下进行干燥，因此体积几乎不变，坚持了原来的结构，不会发生浓缩现象。
冷冻干燥机干燥后的物质疏松多孔呈海绵状，加水后溶解迅速而*，几乎立即恢复原来的性状。由于干燥在真空下进行，氧气极少，因此一些易氧化的物质得到维护。冷冻干燥能排除95%-99%以上的水份，使干燥后产品能长期保存而不致变质。因此，冷冻干燥机冷冻干燥目前在医药工业，食品工业，科研和其他部门得到广泛的应用。
冷冻干燥机的排气温度是靠着干燥机操作控制的，一旦控制不了，也就说明冷冻干燥机发生了故障。
导致冷冻干燥机排气温度过高的原因：
1.压缩空气进行温度过高或流量过大；
2.制冷系统工况发生变化，引起冷媒蒸发温度升高，使压缩空气在蒸发器量得不到足够冷却；
3.预冷器管道外壁散热量太大。
导致冷冻干燥机排气温度较低的原因：
1.预冷器热变换面积不够而蒸发器制冷量有余；
2.压缩空气进气温度较低或流量太小；
3.制冷系统工况发生变化，使冷媒蒸发压力低于正常值。
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