冻干机的冻干过程中，从冻干到除霜均由程序化控制。通过加热隔板产生的循环热控制温度，因此温度均一性更加准确，同时提高冻干速度。冻干结束后，对冷井进行快速除霜，以便于缩短下一次冻干时间。为长期保存样品，可运用反填系统对真空仓填充无菌空气或氮气以保护样品免受污染。为了在冻干后长期保存样品，在真空状态下，采用压盖系统，来达到安全而精确的密封作用。防逆喷装置保护样品，防止真空泵油逆流到系统，污染样品。
冻干机的几类控制器特征如下：
1.T型
可实现手动，自动两种程序冻干；
反填气体程序控制；
加热除霜程序控制；
压缩机延时启动，大限度保护压缩机；
真空泵停止后自动反填纯净气体，防止真空油逆喷；
内置计算机+触摸屏控制，可存储固定或用户自定义程序；
监控器实时显示真空度、冷阱深度。
2.P型
真空泵停止后自动反坟纯净气体，防止真空油逆喷；
监控器实时显示真空度、冷阱温度、样品温度；
数据记录系统，每分种存储一次数据，可连续记录存储，USB接口数据存储器可将数据存入计算机；
校准功能，可实现对温度及真空度的校准；
报警功能；
模拟工业冻干机，实现程序冻干；
全自动控制冻干软件，可存储固定或用户自定义程序，从预冻到除霜全部自动化控制，可数字密码签名；
可设置搁板温度，分析共晶点、三相点，绘制冻干曲线。
3.B型
可实现手动，自动两种程序冻干；
反填气体程序控制；
加热除霜程序控制；
压缩机延时启动，大限度保护压缩机；
纯净N2反填或空气过滤反填功能；
实时数字显示真空度、冷阱温度。
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